Filogenetska rekonstrukcija z uporabo Gaussovih procesov - TRACE

Vodja projekta:

prof. dr. Juš Kocijan

Trajanje:

1.1.2020 - 31.12.2022

Financiranje:

Mednarodno sodelovanje med Republiko Slovenijo in Republiko Hrvaško BI-HR/20-21-021

Povzetek:

Namen projekta TRACE je uporabiti sodobne računalniške metode, ki se uporabljajo na področju tehnike in računalništva za modeliranje problema v biologiji. Filogenetika je v biologiji preučevanje evolucijske zgodovine in sorodnosti med posameznimi organizmi ali skupinami organizmov. Te sorodnosti se odkrivajo z uporabo metod sklepanja v filogenetiki, ki vrednotijo nasledstvene značilnosti, kot so deli DNA ali morfologija, na podlagi evolucijskega modela posameznih značilnosti. Rezultat teh preučevanj je filogeneza, ki je shematska predstavitev evolucijske zgodovine in sorodnosti skupin organizmov. Vrhovi teh drevesnih struktur so lahko živi organizmi ali fosili, ki predstavljajo zaključek (ali trenutno stanje) evolucijske linije. Raziskave filogenetike so postale ključne za razumevanje bioraznovrstnosti, evolucije, ekologije in genoma. V sklopu projekta bomo poiskali, kako bi povezali metodo Gaussovskih procesov in metode filogenetske rekonstrukcije na podlagi DNA.